Чуунин-(Чуунин, «средний ниндзя») — в его обязанности входит руководство и наблюдение за небольшими группами других ниндзя. Шиноби этого разряда достигли уровня зрелости, которая, прежде всего, состоит из навыков лидерства и тактического мастерства. Некоторые из них, как например Ирука Умино, исполняют функции преподавателя; а другие, такие как Нара Шикамару, служат руководителями групп, отвечая за небольшие команды. Они должны с максимальной эффективностью принимать решения и использовать навыки ниндзя, находящихся под их командованием. После достижения уровня Чуунина, Шиноби может носить опознавательный боевой жилет, в котором хранятся ниндзюцу-свитки. Чуунина обычно посылают на миссии сложности C или B. Чтобы достигнуть уровня Чуунина, генин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене ("Экзамене на звание Чуунина"), который проходит дважды в год из-за растущего числа синоби в деревнях. В прошлом каждая деревня проводила свой собственный экзамен, но после Третьей Мировой Войны Ниндзя, союзнические страны согласовались проводить его лишь в одном избранном селении, таким образом улучшая и укрепляя свои отношения. Другое преимущество состоит в том, что ниндзя, принимающий участие в этом мероприятии, привлекает клиентов, которые могут заинтересоваться его наёмом. Экзамен на звание Чуунина — это испытание не только силы, но и способностей собирать информацию, выживать в трудных условиях и соблюдать руководящие указания. Тех, кто имеют все эти качества, распределяют по парам для проведения турнирных поединков, за которыми наблюдают судьи, принимающие решение кого продвинуть в звании, а кто этого не заслуживает. Победитель дуэли имеет право перейти к следующему сражению, но главную роль при вынесении решения жюри играет не победа, а действия синоби во время поединков. Таким образом, любой, кто доходит к третьей стадии Экзамена, даже принявший участие всего в одном поединке, имеет шанс стать Чуунином.
